Theo đó nhóm đối tượng không chịu thuế bao gồm: Sản phầm trồng trọt; sản phẩm giống vật nuôi, cây trồng; tưới tiêu; sản phẩm muối; nhà ở thuộc sở hữu nhà nước bán cho người đi thuê; chuyển quyền sử dụng đất; bảo hiểm nhân thọ; dịch vụ tài chính; dịch vụ y tế, thú y; dịch vụ bưu chính viễn thông công ích; dịch vụ phục vụ công cộng về vệ sinh thoát nước; duy tư sửa chữa, xây dựng bằng nguồn vốn đóng góp của nhân dân; dạy học, dạy nghề theo quy định; phát sóng truyền thanh, truyền hình bằng vốn NSNN; xuất bản, nhập khẩu sách, báo chí chuyên nghành; vận chuyển hành khách công cộng bằng xe buýt, xe điện; hàng hóa thuộc dạng trong nước chưa sản xuất được nhập khẩu; vũ khí, khí tài chuyên dùng phục vụ quốc phòng; hàng hóa nhập khẩu viện trợ nhân đạo; hàng chuyển khẩu, quá cảnh tại Việt Nam; chuyển giao công nghệ theo quy định; vàng nhập khẩu dạng thỏi, miếng chưa qua chế tác; sản phẩm xuất khẩu là tài nguyên chưa chế biến; sản phẩm nhân tạo dùng thay thế bộ phận cơ thể người; hàng hóa, dịch vụ của cá nhân kinh doanh có thu nhập thấp hơn mức lương tối thiểu và 1 số lọai hàng hóa khác.

Thuế suất 0% bao gồm nhóm mặt hàng, hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu;

Thuế suất 5% bao gồm: Nước sạch phục vụ sản xuất và sinh họat; phân bón, quặng để sản xuất phân bón; thức ăn gia súc, gia cầm;      dịch vụ đào đắp, nạo vét kênh mương; sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa qua chế biến; mủ cao su sơ chế; thực phẩm tươi sống, lâm sản chưa qua chế biến ở khâu thương mại; đường và phụ phẩm trong sản xuất đường; sản phẩm bằng đay, tre, cói; máy móc thiết bị chuyên dùng sản xuất nông nghiệp; thiết bị, dụng cụ y tế; giáo cụ; họat động văn hóa, triển lãm, sản xuất phim; đồ chơi trẻ em trừ SGK; dịch vụ khoa học công nghệ.

Nhóm thuế suất 10%: dành cho các mặt hàng còn lại.

Ngòai ra thông tư còn quy định chi tiết các phương pháp khấu trừ thuế, phương pháp tính thuế, kê khai thuế, nộp thuế và hòan thuế.

Bên cạnh đó việc quy định chi tiết về ghi chép hóa đơn bán hàng hóa, dịch vụ cũng được quy định chi tiết trong thông tư này.

Chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với các hàng hóa, dịch vụ có giá trị thanh toán từ 20T đồng trở lên cũng đã được quy định chi tiết. Theo đó:

“Hàng hoá, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa bán ra; bù trừ công nợ; thanh toán uỷ quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng mà các phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng; Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Khi kê khai hoá đơn thuế giá trị gia tăng đầu vào, cơ sở kinh doanh ghi rõ phương thức thanh toán được quy định cụ thể trong hợp đồng vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào.

Trường hợp mua hàng hoá, dịch vụ của một nhà cung cấp có giá trị dưới hai mươi triệu đồng nhưng mua nhiều lần trong cùng một ngày có tổng giá trị trên hai mươi triệu đồng thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.”

Cơ sở kinh doanh đóng tàu có hợp đồng đóng tàu với khách hàng trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành theo giá đã có thuế GTGT tính theo mức thuế suất 5% nhưng đến ngày 31/12/2008 chưa hoàn thành, nghiệm thu bàn giao thì tiếp tục được áp dụng thuế suất 5% cho các hợp đồng này. Cơ sở kinh doanh đóng tàu phải thông báo bằng văn bản với cơ quan thuế trực tiếp quản lý danh sách các hợp đồng đóng tàu dở dang chuyển sang năm 2009 kèm theo bản sao các hợp đồng trước ngày 31/3/2009.

Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2009 và thay thế các thông tư số 32/2007/TT-BTC ngày 9/4/2007 và Thông tư số 30/2008/TT-BTC ngày 16/4/2008 của Bộ Tài chính.